- Ambiente e Desenvolvimento Sustentável
- Autonomia, Gestão e Participação
- Ciência, Tecnologia e Capacitação
- Cooperação Internacional
- Cultura
- Desenvolvimento Econômico Local
- Desenvolvimento Social
- Desenvolvimento Urbano
- Educação
- Gênero e Município
- Integração Fronteiriça
- Juventudes
- Planejamento Estratégico
- Segurança Cidadã
- Turismo
- Grupo de Comunicação
Unidades Temáticas
As Unidades Temáticas surgem dando resposta à necessidade de Mercociudades de trabalhar em determinados aspectos de alta preocupação na Rede e as cidades. Atualmente as Unidades Temáticas são 15 e às que se lhe somam 7 Grupos e Comissões de Trabalho.