- Ambiente e Desenvolvimento Sustentável
- Autonomia, Gestão e Participação
- Ciência, Tecnologia e Capacitação
- Cooperação Internacional
- Cultura
- Desenvolvimento Econômico Local
- Desenvolvimento Social
- Desenvolvimento Urbano
- Educação
- Gênero e Município
- Integração Fronteiriça
- Juventudes
- Planejamento Estratégico
- Segurança Cidadã
- Turismo
- Grupo de Comunicação
Unidade Temática de Ciência, Tecnologia e Capacitação
Desde a criação da Rede em 1995, tem como objetivo estimular a cooperação científico-tecnológica entre as cidades integrantes da mesma, através da troca de experiências e conhecimentos. Desde 1997 organiza anualmente um prêmio à melhor pesquisa aplicada no âmbito das Mercocidades.