- Ambiente y Desarrollo Sostenible
- Autonomía, Gestión y Participación
- Ciencia, Tecnología y Capacitación
- Cooperación Internacional
- Cultura
- Desarrollo Económico Local
- Desarrollo Social
- Desarrollo Urbano
- Educación
- Género y Municipio
- Integración Fronteriza
- Juventudes
- Planificación Estratégica y Áreas Metropolitanas
- Seguridad Ciudadana
- Turismo
- Grupo de Comunicación
Grupo de Trabajo de Cooperación Descentralizada
El objetivo de el Grupo de Trabajo de Cooperación Descentralizada es fortalecer las capacidades institucionales de los gestores locales de las ciudades integrantes de Mercociudades a través del desarrollo de habilidades de diseño, monitoreo y evaluación de proyectos a partir de la citada plataforma.